（一）注重稳定粮棉传统优势产业
粮食生产坚持区内平衡，略有结余的原则，加快调整粮食布局和品种结构，加强标准粮田建设，努力提高粮食综合生产能力和加工转化能力，建设伊犁河流域国家粮食安全后备基地，促进粮食生产能力稳定增长。2015年，种植粮食3592.53万亩，产量达1521.26万吨，确保了粮食供给有余。棉花生产坚持稳定面积、提高单产、优化品质、节本增效的原则，重点进行高效节水灌溉、良种繁育推广、中低产田改造等建设，实现规模化水平、种植效益的提升。2015年，种植棉花3409.67万亩，产量达429.8万吨，占全国总产的62.5%，棉花主产区的地位进一步巩固。
（二）注重培育畜牧主导产业
针对草原超载过牧严重、草畜矛盾尖锐、产草量和承载力明显下降的现状，2003年以来，以农牧区畜牧业增效、农牧民持续快速增收为核心，促进传统畜牧业向现代畜牧业转变，采取一系列措施，畜牧业生产取得可喜成绩。一是全面落实草原生态保护补助奖励机制。2011—2015年，累计发放草原生态补奖资金95.35亿元，禁牧1.515亿亩，草畜平衡面积5.385亿亩，完成牧草良种补助面积2453.84万亩、虫害防治面积6539万亩、鼠害防治面积10190万亩、毒害草治理面积300多万亩，核减转移牲畜870.18万羊单位；牧民人均纯收入由2010年的4642元增至2015年的9000多元，其中，政策性收入户均达6064元。二是实施退牧（耕）还草工程建设。投入资金38亿元，实施退牧还草禁牧围栏5587万亩，休牧围栏11932万亩，划区轮牧围栏670万亩，补播改良1194万亩，新建、改造人工饲草料地134万亩。三是推进饲草料产业发展。围绕农区畜牧业发展调整种植业结构，完善人工种草产业发展布局，推行“粮食—经济—饲料”作物的三元种植结构，实现粮饲分流，推进饲草料产业加快发展，人工种草面积突破1000万亩。四是实施游牧民定居工程。2009年开始，投入资金97亿元，使11.05万户游牧民实现定居，定居率达到79.7%，极大改善了牧民生产生活条件，为草原畜牧业转型和生态保护奠定了基础。
（三）注重培育绿色生态林果产业
2000年西部大开发战略实施以来，将林果业作为重点农业产业来培育。各级政府一张蓝图绘到底，始终把发展特色林果业作为解决“三农”问题的主要途径大力推进，取得经济和生态效益双赢的显著成效，林果业已经成为全疆特别是南疆的支柱产业。截至2015年底，林果种植面积2396.11万亩，是2000年林果面积的9.6倍，建成了环塔里木盆地林果主产区，吐哈盆地、伊犁河谷及天山北坡一带若干个高效林果基地和产业带，果品总产量达到1708万吨，年产值超500亿元，农民人均林果业纯收入2200元，林果业已占农民收入的25%以上，主产区达到45%以上。
（四）注重一二三产业融合发展
1.大力发展现代农牧产品加工业。以特色产业为基础，不断延伸产业链，构建信息服务、科技支撑、产业园区和农产品加工及外销四大平台，以龙头企业为依托，重点围绕棉花、粮油、林果、畜产品、区域特色农产品，大力发展科技含量、档次和附加值高的农产品精深加工业。优化农牧产品加工业布局，形成南疆以特色林果精深加工为主、北疆以特色农副产品和畜产品精深加工为主的产业格局。2012年以来，支持农户和合作社建设热风烘干房和冷藏保鲜设施等产地初加工设施，提高初加工水平，减少农产品产后损失，提升产业附加值，推动农产品从研发、生产、加工到品牌、销售、流通等全产业链建设，延伸特色农产品产业链条，有效发挥初加工对农业生产和精深加工业发展的支撑和保障作用。2015年，已有近70家林果生产加工企业发展为自治区级以上农业产业化重点龙头企业，带动农民就地就近就业7.5万人，极大地发挥了龙头企业的辐射带动作用。
2.积极搭建营销平台。建设区内外衔接互动、功能完善、交易规范的农产品批发市场，支持大型流通企业、加工龙头企业开展农产品营销，在全国建立林果产品专卖、代理、加盟店1000多家，并利用“互联网+”加快推动连锁经营、网上交易、电子商务发展，建立从农产品生产、加工、运输、仓储、配送到消费的一体化现代农产品物流体系。
3.加大对民族特色手工业的扶持力度。新疆特别是南疆各民族传统手工业特色鲜明，优势突出，符合现代人个性化、低碳化、文化消费的需要。各地抓住这一市场趋势，深度挖掘，努力打造手工艺精品和名品，特别是在南疆形成集商品、文化、艺术和民生为一体的生态产业。
4.大力发展特色乡村旅游。充分利用沙漠、雪山、草原、绿洲村落、特色林果等自然景观，有别于中原文化的民族差异性等旅游和文化产业优势，推动乡村旅游向特色化、市场化、产业化、规模化方向发展，开发各种休闲旅游产品。2015年底，全疆共有星级农家乐、牧家乐、采摘园和特色林果园1400家，直接带动农牧民就业达5万余人，乡村旅游已成为农村发展第三产业和拓宽农民增收渠道的新亮点。
（五）注重发展高效节水农业
全面落实最严格水资源管理制度，走内涵式、高效节水农业发展道路，按照确有需要、生态安全、可以持续的原则，加强大中型灌区续建配套和节水改造工程建设，实施农田基本建设和中低产田改造，抓好土地平整、渠道防渗等常规节水建设，全面推广滴灌技术，因地制宜发展喷灌、管道灌等节水技术，大力发展旱作节水农业，建立标准化、规范化高效节水综合示范区，促进现代农业发展。2009年以来，每年投入9亿元的高效节水补助资金，农业高效节水建设以年均350万亩的规模快速增长，截至2014年底，累计发展高效节水灌溉面积达到4180万亩，约占总灌溉面积的45%，农业灌溉水有效利用系数提高到0.53，实现了节水节肥、高产高效，促进了农业生态环境改善和农村生产经营方式转变。